Mit Programmen aufs Internet zugreifen: Proxy..

Bei "diesen" Programmen gibt es evtl. die Einstellung, dass die Standardverbindung des Windowssystems übernommen werden kann, dann reicht der vollständige Proxy-Eintrag im IE.
Ansonsten ist es eben Programmabhängig, ob man Konfigurationen vornehmen kann.
Eine Pauschalaussage dazu wäre mir nicht bekannt (z.B. "verstecken").

Ich weiss... die systemeinstelllungen zu proxys schreibt doch der internet explorer, oder? Da sind die Ports und adressen nämlich gesetzt, allerdings geht kein anderes programm... KEiner eine lösung, dass alle programme zugriff haben?

Hier irgend was unklar. Webbrowser und Webanwendungen sind dafür geschaffen, egal ob nun über Proxy oder direkt auf das I-Net zugreifen zu können.
Mit welchen anderen Programmen willst du denn auf das Internet zugreifen?  Du kannst nicht einfach mit, sagen wir mal Office 2010 auf das Internet zugreifen. Diese sind in der Regel nur für den Localen Betrieb ausgelegt.
Also mal genauere Angaben, was du tatsächlich machen willst.

zum beispiel Spiele (SC2, Battklefield), die brauchen für online gaming ja auch internet. 

Ich bin kein Zocker, aber soviel mir bekannt ist, werden eben solche Online Spiele, wie von dir genannt, nach dem Kauf und der Installation mit deinem Passwort über einen WEBSERVER abgewickelt. Hier ist dein Problem, keine Ahnung in welchem Netzwerk du dich befindest, ob in einer WG oder bei deiner Firma, der Administrator wird schon gewusst haben warum er einen Proxy installiert hat. Hier sind nur jene Ports freigegeben welche du auch nutzen kannst. Also vermutlich keine Online Games.
Dies nur im Groben Umfang.

Onlinespiele benutzen die Einstellungen die im Browser eingestellt sind!

Wenn ich dies nun richtig verstehe, müsste demnach, wenn er die "Online-Battlefield.exe " anklickt die Abfrage nach dem Zugangspw für den Proxy kommen. Oder macht sich da der Browswer auf, um dieses nun einzugeben? Oder gibt es in diesen Online Games, wie bei Skype, eine Option in welcher ich den Proxy eintragen kann?
Wie schon erwähnt, ich bin kein Zocker, habe mich bisher auch nicht damit befasst, würde aber gerne hinzulernen. Der TO sicher auch.

Ich bin auch kein Spieler

Normalerweise werden Onlinespiele auf der Webseite gespielt.

Wenn er per exe das Spiel startet ist es ja local - will er es jetzt anderen zur Verfügung stellen dann muss er den Zugang zum Spiel ermöglichen und hier spielt der Proxy dann seine Schutzfunktion aus!
Andere werden so vor dem Spiel geschützt!

Dies heist also, wenn das Spiel für Online gekauft wurde, wählt man die Webseite des Online-Games mit dem Browser, gibt dort seine Erkennung ein und ist Spielbereit.
Ok Danke 

wenn das Spiel für Online gekauft wurde

Es genügt,wenn der proxy im IE eingetragen ist.Jedoch erwartwen diverse spiele ihre daten auf bestimmten ports.sind diese nicht ertreichbar,funzt das spiel nicht und kann nur lokal gespielt werden,
Viele aktuelle spiele machen erst beim spiel per internet in der gruppe spass.