Hallo,
Ja, auf der Partition wo Windows schon war, da wird aber trotzdem der Bootloader zerstört, oder?
Klar zerstört die Windowsinstallationsroutine den Bootloader und ersetzt ihn gegen den Windowseigenen ohne dabei deine Linuxinstallation zu berücksichtigen. Drum sollst Du den Vorhandenen ja per dd Befehl auch sichern und nach der Windowsinstallation wieder zurückschreiben. Das ist 'ne Sache von 2 Minuten. Supergrub und in diesem Zusammenhang ähnlichen Unfug brauchst Du nicht.
Have Fun