Die Registry ist eine Art Tabelle, in der veränderliche Werte eingetragen sind, die teils vom Betriebssystem, teils von Programmen benötigt werden.
Der Trojan Remover kann nicht "wissen", was in den Speicherstellen, die der Trojaner verändert haben mag, vorher drin gestanden hat. Es besteht also die Möglichkeit, daß Programme nicht mehr richtig laufen.
Die das Betriebssystem betreffenden Speicherstellen kann er allerdings mit Standardwerten füllen, so daß das Betriebssystem zwar ordentlich funktioniert, aber Dir möglicherweise die eine oder andere Einstellung verlorengeht.
Naja, Einstellungen kann man neu machen und Programme neu installieren. Ich ziehe es bei Schadware-Befall (was ich glücklicherweise schon ewig nicht mehr hatte) vor, das System ganz neu aufzusetzen, statt irgendwelche Programme da ran zu lassen, die mir zumindest suspekt sind.