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Ja in einigen fällen schon.Man nehme zum beispiel ei fujizu siemens d1522 maiboard und stecke dort eine ati radion hd5450 ein. Auf diesem mainoard ist nähmlich noch der alte grafiksteckplatz verbaut. Es gibt zwar noch grafikkarten die diesen anschluss besitzen (auch brandneue) die aber eigendlich schneller laufen würden als es diser alte anschluss es erlaubt.
Es kann zudem sein dass auf intel mainboards ATI grafikkarten langsamer laufen, weil diese aus dem hause von AMD sind und auch auf solche systeme besser abgestimmt sind.