Also Folgendes:

Ein 17 Zoll Notebook von Fujitsu-Siemens mit 2 x 80 GB SATA Festplatten kann ganz Normal Windows starten und auch ohne  Komplikationen auf beide Festplatten zugreifen.

Nun möchte ich aber Windows neu installieren. Ich boote von CD und sobald er von CD startet erscheint dort, dass keine Festplatten vorhanden sind. Im BIOS wird keine der beiden Festplatten angezeigt.

Also defekt können Sie nicht sein weil ich auch noch eine dritte SATA Festplatte probiert habe und die anderen beide komplett entfernt.

Mainboard reset bringt nichts.

Welche Möglichkeiten habe ich noch? BIOS Flash?   

Bios Aktualisieren ist nicht nicht verkeht.Dann die treiber für den SATA controller nebst SP3 für XP und allen anderen treibern mittels Nlite in die instalationsCD einbinden.
Danach sollte XP die platten erkennen.

Nicht BIOS updaten - nur richtig konfigurieren.
SATA-Modus einschalten. - Kenne Dein Notebook-Typ nicht - mußt im BIOS oder im Handbuch Kapitel BIOS nachlesen wie die Einstellung sein muß.