Wenn du von CD bootest kommst du bei der Installation doch sicher zu der Stelle, wo du die Partition auswählen kannst in die Windows installiert werden soll. (so sollte es eigentlich sein
)
Genau da kannst du die bestehende Partition löschen und wieder eine neue anlegen - also du hast das sicher zur Auswahl.
Spätestens nach dem Löschen der Partition und dem neuen Anlegen ist deine Festplatte frisch formatiert...
Oder hast du nur so ne Recovery CD? Dann ist es ja noch einfacher: CD rein, von CD booten, Anweisungen auf dem Bildschirm folgen, fertig 
apache